Οι αρμοδιότητες της ΕΕΑΕ περιλαμβάνουν:
- ρυθμιστικό και νομοθετικό έργο,
- ελέγχους ακτινοπροστασίας και ασφαλούς λειτουργίας και έκδοση ειδικής άδειας λειτουργίας σε περίπου 2500 εργαστήρια εφαρμογών των ιοντιζουσών ακτινοβολιών ή/και αδειοδότησή τους,
- επί τόπου μετρήσεις των εκπεμπόμενων ηλεκτρομαγνητικών πεδίων στο περιβάλλον διατάξεων ηλεκτρικής ενέργειας και κάθε είδους σταθμού κεραιών και έλεγχος των τεχνικών μελετών για κάθε εγκατάσταση κεραιών (περίπου 10.000),
- ατομική δοσιμέτρηση των επαγγελματικά εκτιθέμενων σε ιοντίζουσες ακτινοβολίες στη χώρα (περίπου 11.500 άτομα) και τήρηση του εθνικού αρχείου δόσεων,
- συντονισμό του προγράμματος ελέγχου ραδιενέργειας περιβάλλοντος στη χώρα, λειτουργία του τηλεμετρικού συστήματος μέτρησης γ-ακτινοβολίας, διενέργεια φασματοσκοπικών αναλύσεων σε τρόφιμα και καταναλωτικά προϊόντα και μετρήσεων ραδονίου,
- λειτουργία εργαστηρίου μετρολογίας ιοντιζουσών ακτινοβολιών που έχει αναπτύξει τα εθνικά πρότυπα δοσιμετρίας και παρέχει υπηρεσίες διακρίβωσης και βαθμονόμησης οργάνων ιοντιζουσών ακτινοβολιών,
- προετοιμασία και απόκριση σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης με εμπλοκή ραδιενεργού/πυρηνικού παράγοντα,
- συμβολή στον έλεγχο της παράνομης διακίνησης ραδιενεργών υλικών, πυρηνική /ραδιολογική ασφάλεια,
- εκπαίδευση στο αντικείμενο της ακτινοπροστασίας και πυρηνικής προστασίας σε εθνικό και διεθνές επίπεδο,
- τήρηση εθνικής βάσης δεδομένων επί θεμάτων ακτινοπροστασίας,
- εκπροσωπήσεις και συμμετοχή σε επιτροπές εθνικών, ευρωπαϊκών και διεθνών οργανισμών,
- συμμετοχή σε ευρωπαϊκά και εθνικά ερευνητικά και αναπτυξιακά προγράμματα,
- ενημέρωση της κοινής γνώμης.
