Η ΕΕΑΕ ελέγχει μια σειρά ειδικών εγκαταστάσεων που υπόκεινται σε ρυθμιστικό έλεγχο.

• Ερευνητικός πυρηνικός αντιδραστήρας ΕΚΕΦΕ "Δημόκριτος"
• Εγκατάσταση Διαχείρισης Ραδιενεργών Αποβλήτων και Πηγών του ΕΚΕΦΕ "Δημόκριτος"
• Επιταχυντής Tandem, ΕΚΕΦΕ "Δημόκριτος"
• Ακτινοβολητής Βιομηχανικών Εφαρμογών Ι.Φ.Ε.Τ. Α.Ε.
• Επιταχυντής παραγωγής ισοτόπων-ραδιοφαρμάκων ΒΙΟΚΟΣΜΟΣ Α.Ε.Β.Ε.
• Επιταχυντής παραγωγής ισοτόπων-ραδιοφαρμάκων SYN INNOVATION LABORATORIES A.E.
• Επιταχυντής παραγωγής ισοτόπων-ραδιοφαρμάκων ΦΑΡΜΑΖΑΚ ΑΦΕΒΕ